По мнению ФНС России, если лицо уплатило госпошлину, но в дальнейшем не обратилось в уполномоченный орган за выдачей разрешения (лицензии), то она возвращается.

Если документы на получение разрешения (лицензии) поданы и на их основании вынесен мотивированный отказ в его выдаче, то уплаченная госпошлина не возвращается.

Аналогичной позиции придерживается Конституционный Суд РФ.

Письмо Федеральной налоговой службы от 2 сентября 2013 г. № ММВ-18-15/970 “О государственной пошлине”

Источник: ИА "ГАРАНТ"